Fue fundada el 20 de noviembre de 1950 por dirigentes de varios clubes guayaquileños con el objetivo de organizar el primer torneo profesional de fútbol en el país, denominado Campeonato de Guayaquil, dejando de lado el amateurismo. El 20 de noviembre de 1950, en una reunión de dirigentes deportivos de los clubes Emelec, Norte América, Barcelona, 9 de Octubre, Everest y Reed Club se acordó la creación de una entidad llamada a controlar, fomentar, dirigir y ejecutar el fútbol no amateur, fundando así la «Asociación de Fútbol». Se convino que los seis mejores clubes, ya declarados profesionales -Audax Italiano, Badminton, Colo-Colo, Magallanes, Morning Star y Unión Deportiva Española- jugaran los domingos, mientras que los otros seis, de carácter amateur, lo hicieran los sábados. Se determinó como fecha oficial de fundación de la asociación el 26 de febrero de 1937 y se consideraron como clubes fundadores: Audax Italiano, Badminton, Colo-Colo, Magallanes, Santiago Morning y Unión Española. La sección inició sus actividades con una inauguración en el Estadio de Carabineros, con el primer campeonato de cuartas especiales, en el que participaron: Audax Italiano, Badminton, Colo-Colo, Magallanes, Santiago Morning, Santiago National y Unión Española.
Antes de la creación de la Asociación Nacional de Fútbol Profesional (obtuvo personalidad jurídica el 23 de octubre de 1987), hubo cuatro organismos que cumplieron idéntica función. En 1946 regresaron a la Federación las cuatro regiones británicas. Este torneo se disputó ininterrumpidamente por 28 años, siendo el General Córdova el club con mayor cantidad de títulos ganados (cuatro ediciones). Su mayor éxito fue levantar la Copa Mundial en la edición de 1966 celebrada en suelo inglés. La última edición de este torneo amateur se disputó en 1950 siendo el último campeón el Barcelona Sporting Club. Luego de varios años en las que los equipos de fútbol jugaban campeonatos organizados por diversas instituciones, en 1922 la Federación Deportiva del Guayas crea el primer torneo oficial de fútbol de manera amateur. Al final de la primera fase, los siete primeros de cada grupo formaron un grupo único con 14 clubes en el que se juega la victoria final de la temporada. Por último, la Asociación de Football Profesional concluyó la temporada con un Campeonato Especial de Receso. Tras la creación de un campeonato nacional en 1957, y la posterior creación de la Asociación Ecuatoriana de Fútbol, la AsoGuayas pasó a ser el ente rector y organizador de torneos de segunda categoría a nivel provincial.
Actualmente está afiliada a la Federación Ecuatoriana de Fútbol. Finalmente, varios clubes tuvieron diferencias con la Federación Deportiva del Guayas y el malestar conllevó a la finalización de la era del amateurismo en el fútbol. El 23 de agosto de 1922 se fundó la Federación Mexicana de Football Asociación (sic) y el 21 de octubre del mismo año dio inicio el Campeonato de Liga, marcando así el comienzo del fútbol nacional organizado, por lo que se estaba en posibilidad de formar un conjunto representativo. Finalmente, el 29 de mayo de 1938 comenzó sus funciones la Asociación Central de Fútbol que desapareció en la mitad de la década de los ochenta. El 19 de mayo de 1938, la Asociación de Football Profesional de Santiago cambió de nombre y pasó a llamarse Asociación Central de Fútbol de Chile (ACF). Es la asociación de fútbol más antigua creada en el Ecuador. La práctica del deporte era muy limitado en Guayaquil hasta finales del siglo XIX, camiseta real madrid 2024/25 y particularmente el fútbol era desconocido en el Ecuador.
El 23 de abril de 1899 se fundó oficialmente el Club Sport Guayaquil, siendo el primer club de fútbol de Ecuador. En la primera edición de torneo jugaron 14 equipos y el campeón fue el Racing Club. En esa ocasión no superó la primera ronda. Cabe destacar su participación por primera vez en las clasificatorias para la Eurocopa en el año 2004, y para la Copa Mundial en 2008 como hechos más resaltables. A continuación se muestra el número de participaciones que ha tenido cada club en las dos etapas de la liga. Los doctores en teología de la Sorbona manifestaron que el pueblo estaba desligado del juramento de fidelidad a Enrique y tenía derecho a sublevarse para defender la Iglesia católica romana. En la Serie A permanecerían seis de los ocho clubes fundadores de la Liga Profesional de Football de Santiago, excepto Green Cross y Santiago National, últimos posicionados en el campeonato profesional de 1933. Estos se integrarían a la Serie B, junto a los tres clubes mejor posicionados de la División de Honor de la Asociación de Football de Santiago: Carlos Walker, Ferroviarios y Santiago, más Deportivo Alemán, club elegido por derecho privativo de la AFS; todos de carácter amateur.