Por Vanesa Entrenó a muchos jugadores que posteriormente ingresarían en el Basketball Hall of Fame, pero, más importante, lakers camiseta Auerbach fue vital en el derribo de las barreras raciales en la NBA. El 13 de marzo de 2003, el Atlético de Madrid presentó su Centenario en la Casa de Correos de la Puerta del Sol, en un acto al que acudieron más de 800 personas. Aparcado el tema del juicio hasta que el Tribunal Supremo dictase sentencia, el Atlético de Madrid volvió a centrarse en el tema deportivo, y en los actos conmemorativos del Centenario. De vuelta al plano deportivo, el 1 de junio, en la trigesimosexta jornada, el Atlético perdió 3-2 contra el Deportivo de la Coruña, cayendo a la undécima posición, a cinco puntos de la UEFA con cinco conjuntos por delante. Los rojiblancos acabaron la temporada en la decimosegunda posición, con 47 puntos. En la temporada 1977-78 disputó su primer y único All-Star, en el que consiguió 10 puntos y 8 asistencias, siendo el mejor pasador del equipo de la Conferencia Oeste. El 17 de mayo, en la trigésimocuarta jornada, el Atlético ganó 2-0 al Racing de Santander en El Sardinero, y se colocó octavo a dos puntos de los puestos UEFA.
En el apartado de bajas, se marcharon Falcón (Celta de Vigo), Mista (Deportivo de la Coruña), Zé Castro (cedido al Deportivo de la Coruña), Jurado (cedido al Mallorca), Roberto Jiménez (Recreativo de Huelva), Reyes (cedido al Benfica), Cléber Santana (cedido al Mallorca), Valera (cedido al Racing de Santander), Abbiati (regresaba al Milán tras su cesión), Eller (Santos), Mario Ruyales (Sevilla B) e Iván Cuéllar (Sporting de Gijón). Contrató al entrenador Gregorio Manzano, que acababa de conseguir la Copa del Rey con el RCD Mallorca. El entrenador fue César Ferrando; que en la temporada anterior había hecho del Albacete un equipo duro, aun así recién ascendido. La selección lituana también tuvo dificultades con Puerto Rico, dependiendo de un alto promedio de triples para vencer al equipo de la NBA por 98-90. Luego, los lituanos, ante 12.000 espectadores, se vengaron de sus anfitriones griegos, derrotándolos por 98-76. El próximo partido sería contra Estados Unidos, que nuevamente contó con grandes estrellas de la NBA como Allen Iverson, Tim Duncan y LeBron James, pero que ya había demostrado que flaqueaba tras una derrota ante Puerto Rico. El equipo pronto comenzó a demostrar su potencial, especialmente defensivo, y se mantuvo en lo alto junto al Carramimbre CBC Valladolid, equipo al que le ganaría por 55-62 la Copa Princesa el 4 de febrero de 2020, convirtiéndose así en el primer equipo que ganaría este título jugando como visitante.
A pesar de la poca entidad del rival, la abultada victoria sirvió para devolver la confianza al equipo. Al día siguiente, Gil volvió a pedir disculpas públicas por sus declaraciones, alegando que habían sido fruto del enfado, y habló bien del técnico, aunque volvió a tener duras palabras para Futre. Además, el último día del mercado de fichajes, el Club vendió a su lateral derecho titular, Heitinga, al Everton, sin tiempo ya para hacerse con un recambio. Posteriormente, el equipo perdió el partido de liga celebrado aquel día contra el Atlético Osasuna, con la consiguiente decepción y pañolada de la afición. El equipo la estrenaría el 26 de abril ante Osasuna en el Estadio Vicente Calderón. El 24 de mayo, en la trigésimoquinta jornada, el Atlético de Madrid batió al Villarreal por 3-2 en el Calderón. Tras el cuarto puesto obtenido en la temporada anterior, el Atlético de Madrid regresaba a la Champions 11 años después. En ella hizo un digno papel, peleando hasta el final el primer puesto en un grupo complicado y cayendo sin haber perdido ningún partido. El 22 de enero, el equipo viajó a Huelva para disputar la ida de los cuartos de final de la Copa del Rey, en la que perdió 1-0 en el Colombino ante el Recreativo de Huelva con un equipo plagado de suplentes.
El entrenador tomó las riendas del equipo madrileño, que contaba con jugadores como Leonardo Franco, Pablo Ibáñez, Luis Amaranto Perea, Antonio López, Luccin, Maxi Rodríguez, Martin Petrov, y Fernando Torres, entre otros. El 7 de mayo saltó la noticia: Luis Aragonés abandonaría el Club tras finalizar la temporada. Además, se abrió un nuevo frente en el seno del club: Luis Aragonés podría continuar la siguiente temporada, o incluso aumentar su contrato en dos temporadas más, reduciendo su sueldo. Al final de la gran temporada 2022-2023, llegando a disputar 4 semifinales (Supercopa, Copa del Rey, ACB y Eurocup), la afición badalonesa se despidió de una de las leyendas del club después de 13 temporadas en el primer equipo y una vida de verdinegro, el badalonés Albert Ventura. En la temporada 2006-2007 llegó al club el mexicano Javier Aguirre, dejando el banquillo de Osasuna de Pamplona, habiendo conseguido para el equipo navarro la clasificación para la Liga de Campeones. En la Copa de la UEFA, el Atlético logró su clasificación a la primera fase tras eliminar a la Vojvodina de Serbia (resultado global de 5-1). Tras superar la fase de grupos como primero fue eliminado en deiceisavos de final por el Bolton Wanderers de Inglaterra tras ser derrotado por 1-0 en Inglaterra y empatar sin goles en el partido de vuelta.