El 19 de enero de 2021, camisetas de futbol se llevó a cabo la primera final en la era profesional de fútbol femenino de Argentina por el Torneo Transición 2020 en el Estadio José Amalfitani. El 31 de enero de 2020 se llevaría a cabo en la provincia de San Luis el Torneo de Verano que se disputó como un cuadrangular que incluyó a Boca, River y a la Selección de San Luis. Volverían a ganar el campeonato en el Apertura 2009 pero este iba a tener un plus diferente ya que gracias a este nuevo título Boca por primera vez en su historia jugaría la segunda edición de la Copa Libertadores Femenina del año 2010, convirtiéndose en el segundo equipo argentino en disputarla, después de San Lorenzo de Almagro en el año 2009. Boca integraría el Grupo 2 de la copa junto al Everton de Chile, la U.A.A. Y a partir del ciclo 2022-23 también lo hacen los dos equipos no campeones con más puntos en la tabla general de la temporada (sumando los dos torneos cortos); además de haber opción de clasificar en la disputa de la Copa de las Ligas. En la temporada 2017/18, sus dos primeros equipos juveniles masculinos, Atlético de Madrid Juvenil y Atlético Madrileño Juvenil, fueron campeones de sus dos grupos de la Liga de División de Honor (respectivamente, V y VII), alzándose el primero de ellos con un histórico triplete nacional al ganar también esa misma temporada la Copa del Rey y la Copa de Campeones.
Boca no pudo participar en el Clausura 2003 a causa de que la mitad de sus jugadoras estaban convocadas a la Selección Argentina para disputar la Copa Mundial Femenina de Fútbol de 2003 realizada en Estados Unidos, camiseta de fútbol por esa razón el club decidió no presentarse al campeonato. En las semifinales (no había octavos de final ni cuartos de final) se cruzarían ante el poderoso Santos el partido terminó con derrota de las gladiadoras por 2 a 0 y ahí terminaría el sueño de la libertadores con el que al final terminaría siendo campeón de esa misma copa. Grecia se aferró a ese gol a pesar de un ataque francés en los últimos momentos del partido. ↑ A pesar de que en el marco de la FIFA Gales posee autonomía deportiva, así como las demás naciones constitutivas británicas, en lo referente al Comité Olímpico Internacional es en cambio el Reino Unido quien está adherido. El sábado 9 de marzo de 2019 se dio un encuentro histórico debido a que el plantel de Fútbol Femenino de Boca Juniors «Las Gladiadoras» por primera vez jugaban un partido oficial en La Bombonera en la era profesional, en el marco de una iniciativa por el club Xeneize por el Día Internacional de la Mujer.
En 1992 las jugadoras pudieron disputar otros tres partidos en La Bombonera. En la segunda mitad las encargadas de convertir nuevamente fueron Andrea Ojeda (2) el sexto a los 13 minutos del tiempo complementario y tres minutos más tarde repite Fabiana Vallejos (2). Con estos goles las futbolistas de Boca Juniors logran su título número 25 y quedando en la historia como las primeras campeonas en la era profesional. Sin embargo, tres meses después, falleció el jugador costarricense Enrique Lizano Benavides a la edad de 28 años. A partir de 1993 sería el comienzo de una etapa difícil, ya que durante cinco años consecutivos (de 1993 a 1997), Boca terminaría como subcampeón detrás de River, que se consagraría campeón en todos esos campeonatos dejando un historial de copas negativo para el xeneize en ese momento (Seis Campeonatos Femeninos ganados por River y tan solo uno de Boca). Después cinco largos años con tan solo subcampeonatos, Boca rompería esa mala racha en el año 1998 en donde se consagraría campeón por segunda vez en su historia, pero esta vez no terminaría ahí la historia, ya que desde ese año al 2002 Boca sería campeón durante cinco años consecutivos contabilizando seis Campeonatos Femeninos ganados en toda su historia, y empatando la marca que había logrado River anteriormente.
Ese mismo día por la tarde, las jugadoras campeonas pudieron asistir a La Bombonera para poder dar la vuelta olímpica ante todo el público, fue la única vez que el equipo femenino de Boca Juniors pudo dar una vuelta olímpica en el estadio oficial ante el público. Las convocadas para el encuentro en La Bombonera fueron: 1-Elizabeth Minnig; 4-Julieta Cruz, 2-Noelia Espíndola, 6-Cecilia Ghigo, 3- Julieta Gergo; 8-Camila Gómez Ares, 5-Florencia Quiñones, 10-Micaela Cabrera; 7-Fabiana Vallejos, 9-Carolina Troncoso y 11-Yamila Rodríguez. Las Gladiadoras volvieron a pisar el césped de La Bombonera tras dos décadas. Tanto las Millonarias como «Las Gladiadoras» se impusieron ante las locales por 2-0. Ambos equipos disputaron el Superclásico, enfrentándose así el Club Atlético Boca Juniors contra el Club Atlético River Plate. El espectáculo se llevó ante 4 mil socios en la platea baja, donde el Club Atlético Boca Juniors se impuso por 5 goles ante el Club Atlético River Plate. La final se definió con el superclásico argentino, enfrentándose Boca Juniors contra River Plate. Ese mismo año, el 6 de diciembre, Boca Juniors se enfrentaría por la mañana contra Central Ballester ganando en la última fecha por 7 tantos contra 1.Éste fue el primer gran logró del equipo, coronándose campeonas del Campeonato Femenino de 1992 por primera vez en su historia dejando esta vez como subcampeón a River por un punto debajo de las Xeneizes.