La Copa Mundial de la FIFA Estados Unidos 1994 fue la decimoquinta edición de la Copa Mundial de Fútbol, y se desarrolló en los Estados Unidos, entre el 17 de junio y el 17 de julio de 1994. Estados Unidos fue elegido como sede del Mundial por primera vez en la historia, generando gran polémica por ser un país sin tradición futbolística, debido a la popularidad de otros deportes como el béisbol, el fútbol americano, el hockey sobre hielo, camisetas de futbol baratas 2024 y el baloncesto. En el cuadrangular final le correspondió enfrentar a Jaguares de Córdoba, Cúcuta Deportivo y Deportes Quindío pero los resultados fueron adversos y terminó en el tercer lugar del grupo con nueve puntos. Cuatro partidos ganados, uno empatado y uno perdido, 10 goles a favor y 3 en contra fue el balance del cuadrangular final. En el de vuelta jugado en Santiago, Chile forzaba un tercer encuentro al vencer por 1-0. Finalmente, en la capital argentina, Paraguay consiguió el campeonato tras igualar 0-0, favorecido por su mejor diferencia de goles. Finalmente gana por 4-0, clasificando para el Mundial por diferencia de goles. El primer encuentro disputado por el Valencia FC contra un equipo extranjero se jugó el 26 de julio de 1922 contra el Cette francés en Algirós y venció el conjunto valenciano por 5-0, todos los goles marcados por el delantero centro Montes.
Los buenos resultados continuaron y el equipo terminó la primera vuelta primero del campeonato con 37 puntos, invicto, con la delantera más efectiva y la valla menos vencida, acumulando 34 goles a favor y 10 en contra. Tras los resultados de los cuadrangulares de Ascenso 2015 la junta directiva del club determinó la salida de 14 jugadores y el equipo bajo la dirección de José Manuel «Willy» Rodríguez empezó trabajos en diciembre de 2014 con solo ocho jugadores, lo que fue cuestionado por la hinchada y la prensa deportiva de la ciudad. Finalmente, debido a los malos resultados deportivos y el ambiente hostil de periodistas y aficionados, Fernando Velasco y la junta directiva del equipo llegaron a un acuerdo de desvinculación contractual, lo cual se expresó a la opinión pública mediante un comunicado. Los jugadores que llegaron para los cuadrangulares de ascenso: Andrés Mosquera, José Barriosnuevo, Luis Payares, Luis A. Núñez, John Fredy Pérez, Carlos Giraldo, Daniel Cataño, Jair Palacios, Luis Sierra, César Amaya, José A. Moreno y los pocos que se quedaron de la temporada 2014 James Aguirre, Danny Cano, Luis Rivas, Hernán Sarmiento, Carlos Palacios, Aníbal Mosquera y Jeysen Núñez afrontan el inicio del campeonato bajo la dirección de José Manuel Rodríguez, ratificado a pesar de los resultados adversos.
A pesar de un aceptable comienzo en el torneo, hubo gran dificultad para consolidarse y luego de una campaña de doce empates, dos partidos ganados y tres derrotas, (la primera contra Atlético Nacional en Medellín por 7-0 y las restantes de local, contra Once Caldas por 0-3 y el colero Envigado F. C. por 0-1), el director técnico José Manuel «Willy» Rodríguez fue destituido y reemplazado por Flabio Torres. 2018 llegó el arquero santandereano Luis Delgado y tras el despido del director técnico Carlos Mario Hoyos por malos resultados quedaron encargados durante el resto del semestre los santandereanos Oscar Serrano, director técnico y Roberth Villamizar, asistente asesorados por Flabio Torres logrando un rendimiento excepcional al ganar siete partidos en línea (Alianza Petrolera, Jaguares de Córdoba, Millonarios, Deportivo Pasto, Envigado FC, Atlético Huila, Boyacá Chicó ). Esta época, es la más complicada en la historia del Club por la permanencia prolongada en la Primera B y la ausencia de resultados deportivos de notoriedad incluso en esta división que aseguran la permanencia del Atlético Bucaramanga en esta categoría, al menos hasta diciembre de 2012; por lo que en reiteradas ocasiones la comunidad deportiva de Santander, le ha solicitado al presidente del equipo que no continue al frente de la Institución.
A su reemplazo llega Jaime de la Pava, con quien el equipo no sale de la crisis de resultados negativos y tuvo que luchar hasta la última fecha para no descender, necesitando una victoria contra América en la ciudad de Cali para asegurar su permanencia. Se cree ocasionado por una mala relación de la plantilla con el cuerpo técnico, donde se rumoraba que los jugadores se “pararon” para sacar al técnico, lo que lleva al “Pecoso” Castro a presentar la renuncia luego de perder de local 0-1 contra el Huila. 17 jugadores de la plantilla y se contrató nuevamente a Juan Guillermo Baena. En el plantel universitario, destacaron Sergio Vargas, Rogelio Delgado, Ronald Fuentes, Esteban Valencia, Patricio Mardones, Juan Carlos Ibáñez, Cristián Castañeda, Víctor Hugo Castañeda, Luis Musrri, Marcelo Jara, Rodrigo Goldberg y el exitoso delantero Marcelo Salas, quien se convirtió, en uno de las máximos ídolos de los azules. En julio de 2013 el Tribunal Administrativo de Santander al resolver una apelación a una Acción Popular fallada por el Juzgado Primero de descongestión de Bucaramanga ordenó el cierre para el público del Estadio Alfonso López, el Coliseo Vicente Díaz Romero y las piscinas olímpicas al considerar que no existían garantías de seguridad, por lo que el equipo debió buscar una sede alterna para enfrentar el segundo torneo de 2013 pues Alianza Petrolera no dio el aval para jugar en el Estadio Álvaro Gómez Hurtado de Floridablanca.